答：一、根据《国家税务总局 中国民用航空局关于印发<航空运输电子客票行程单管理办法(暂行)>的通知》(国税发〔2008〕54号)附件《航空运输电子客票行程单管理办法(暂行)》第十八条规定：“公共航空运输企业和航空运输销售代理企业在旅客购票时，应使用统一的打印软件开具《行程单》，不得手写或使用其他软件套打;打印项目、内容应与电子客票销售数据内容一致，不得重复打印，并应告知旅客《行程单》的验真途径。《行程单》遗失不补。严禁虚开、伪造、倒卖《行程单》。”

　　二、根据《会计基础工作规范》(财会字〔1996〕19号)第五十五条规定：“会计机构、会计人员要妥善保管会计凭证。

　　……

　　(五)从外单位取得的原始凭证如有遗失，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，才能代作原始凭证。如果确实无法取得证明的，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作原始凭证。”

　　三、根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》(国家税务总局公告2018年第28号)规定：“第九条 企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目(以下简称“应税项目”)的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票(包括按照规定由税务机关代开的发票)作为税前扣除凭证;对方为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，其支出以税务机关代开的发票或者收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证，收款凭证应载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息。

　　小额零星经营业务的判断标准是个人从事应税项目经营业务的销售额不超过增值税相关政策规定的起征点。

　　税务总局对应税项目开具发票另有规定的，以规定的发票或者票据作为税前扣除凭证。

　　……

　　第十四条 企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：

　　(一)无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料(包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料);

　　(二)相关业务活动的合同或者协议;

　　(三)采用非现金方式支付的付款凭证;

　　(四)货物运输的证明资料;

　　(五)货物入库、出库内部凭证;

　　(六)企业会计核算记录以及其他资料。

　　前款第一项至第三项为必备资料。

　　第十五条 汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。其中，因对方特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照本办法第十四条的规定，自被告知之日起60日内提供可以证实其支出真实性的相关资料。”

　　四、根据《财政部 国家档案局关于规范电子会计凭证报销入账归档的通知》(财会〔2020〕6号)规定：“一、本通知所称电子会计凭证，是指单位从外部接收的电子形式的各类会计凭证，包括电子发票、财政电子票据、电子客票、电子行程单、电子海关专用缴款书、银行电子回单等电子会计凭证。

　　二、来源合法、真实的电子会计凭证与纸质会计凭证具有同等法律效力。

　　三、除法律和行政法规另有规定外，同时满足下列条件的，单位可以仅使用电子会计凭证进行报销入账归档：

　　(一)接收的电子会计凭证经查验合法、真实;

　　(二)电子会计凭证的传输、存储安全、可靠，对电子会计凭证的任何篡改能够及时被发现;

　　(三)使用的会计核算系统能够准确、完整、有效接收和读取电子会计凭证及其元数据，能够按照国家统一的会计制度完成会计核算业务，能够按照国家档案行政管理部门规定格式输出电子会计凭证及其元数据，设定了经办、审核、审批等必要的审签程序，且能有效防止电子会计凭证重复入账;

　　(四)电子会计凭证的归档及管理符合《会计档案管理办法》(财政部 国家档案局第79号令)等要求。

　　四、单位以电子会计凭证的纸质打印件作为报销入账归档依据的，必须同时保存打印该纸质件的电子会计凭证。

　　五、符合档案管理要求的电子会计档案与纸质档案具有同等法律效力。除法律、行政法规另有规定外，电子会计档案可不再另以纸质形式保存。”

　　因此，公司员工出差时误将电子客票行程单丢失，企业若依据国家税务总局公告2018年第28号第十四条规定取得代替资料，可以在企业所得税税前扣除；若依据财会〔2020〕6号取得电子化凭证的，也可以作为企业所得税税前扣除凭证。